精灵合体是一个将精灵潜能提升至全新层次的核心玩法，通常需要精灵达到指定等级并完成特定任务后解锁。合体的核心场所在实验室，也就是游戏内的精灵中心。点击精灵图标进入精灵中心后，可以找到二代精灵培育的入口，在那里主精灵必须是其进化链的最高形态，而副精灵则不能携带特殊能量，这是进行合体操作的基本前提。玩家可以通过参与游戏内的各种活动来获取一些稀有的合体材料，当背包中备齐对应材料时，系统便会给出清晰的操作提示，引导你完成这一强化的关键步骤。
精灵的合体遵循着特定的融合公式，即由两种指定的精灵作为材料来融合生成一个更强的固定新形态。这个过程会凝结出对应的元神珠，并且需要消耗一定数量的元素材料。布布花与小豆芽结合，配合空气结晶可以融合出黄金布布；烈焰猩猩与贝尔在火焰元素的作用下能诞生炎火猴。这些经典的融合公式是许多老玩家打造强力阵容的基石，了解和收集这些公式所需的精灵与材料，是规划养成路线的第一步。材料的类型有时并不会影响合成的成功率，但可能会对最终生成精灵的特性产生微妙的影响。
除了通过固定的融合公式合成精灵，游戏中还存在通过参与限时活动来获得特定合体或超进化形态的途径。赛尔号里的里奥杰斯作为里奥斯的超进化形态，就需要玩家参加特定的对战活动才能获得。这类活动精灵往往拥有独特的种族值设定和技能组合，其获取方式独立于常规的融合系统，为玩家提供了更多元化的阵容构建选择。时刻关注游戏内的活动更新，是获取这些特殊强力精灵不可或缺的一环。
完成合体或超进化后，精灵的种族值和技能体系通常会迎来质变，从而确立其在队伍中的战斗定位。炽焰金刚作为魔焰猩猩的超进化体，其种族值在速度和双攻方面表现突出，技能组合适合走双刀输出路线。在实战中，前排通常需要安排防御或生命值较高的精灵来承担主要伤害，而后排则配置高输出或具备群体攻击能力的精灵进行火力压制。合理的属性互补与技能协同，比如利用某些精灵提供的增益效果或干扰能力，是发挥合体精灵最大威力的关键。
精灵合体不仅是战力的飞跃，也深刻影响着队伍的缘分或天命系统。在赛尔号超级英雄中，特定的精灵组合可以激活伙伴缘分，为整个战队提供大量的属性加成。这种加成机制能够显著提升攻击或生命等核心属性，其效果在后期叠加后尤为可观，往往能产生质变。在进行合体决策时，除了考虑精灵个体的强度，也需将其放入整个阵容体系中考量，评估其能否与现有或计划中的精灵形成强力的天命联动，从而构建出攻防一体、协同高效的终极队伍。
